Formado nas categorias de base do Coritiba, o jogador iniciou sua carreira profissional no Sion, da Suíça, em 2017. No ano seguinte, Matheus se transferiu para o RB Leipzig, da Alemanha, onde atuou por duas temporadas.
🇧🇷 ¡@mathcunha20 ya es futbolista rojiblanco! 🤙
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— Atlético de Madrid (@Atleti) August 25, 2021
Em 2020, o atacante foi contratado pelo Hertha Berlim, última equipe que representou antes de se mudar para Madri.
Pela Seleção Brasileira, o atleta conquistou a medalha de ouro nas Olimpíadas de Tóquio, ainda neste ano. Recentemente, Matheus Cunha foi convocado por Tite para os próximos compromissos do Brasil nas Eliminatórias para a Copa do Mundo de 2022.