Em março deste ano, Wagner do Nascimento foi punido com 30 dias de suspensão por ter sido omisso na súmula de uma partida do Campeonato Paraibano. Na oportunidade, o juiz não relatou uma confusão envolvendo torcedores do Treze e a polícia, na partida contra o rival Botafogo pela segundo embate das semifinais.
Após o episódio, o carioca foi julgado pelo Tribunal de Justiça Desportiva de Futebol da Paraíba (TJDF-PB) e punido com um mês de suspensão. A punição, inclusive, foi a mais leve do artigo em que foi inserido, já que poderia pegar um gancho de até 360 dias.
No entanto, essa não foi a única polêmica em que Wagner do Nascimento esteve presente. Na final do Campeonato Carioca de 2017, foi acusado de comemorar o gol do Flamengo diante do Fluminense, anotado por Paolo Guerrero. Posteriormente, o juiz negou qualquer empolgação com o tento e disse que fez um gesto normal, apontando o centro do campo.
Saindo do Rio de Janeiro, Wagner do Nascimento também foi alvo de reclamações da diretoria do São Paulo no Campeonato Brasileiro de 2017, quando, segundo os tricolores, cometeu três erros capitais no empate contra o Corinthians, em partida do segundo turno. O clube do Morumbi chegou a enviar um dossiê contra o juiz à CBF, mas a entidade máxima do futebol brasileiro entendeu que os lances eram difíceis e decidiu não puni-lo.
Por fim, Wagner do Nascimento é o árbitro que mais marcou pênaltis no Campeonato Brasileiro deste ano. Em sete partidas que apitou, assinalou nove penalidades, sendo três só na vitória da Chapecoense sobre o Internacional, na Arena Condá. Nesta temporada, ainda não comandou jogos do Palmeiras, já pelo Cruzeiro, dirigiu a derrota contra o São Paulo e o empate diante do Internacional, em duelos do Brasileirão.
