Apesar de poucas oportunidades, Marquinhos já estava integrado ao elenco principal do Timão. Ainda jovem, ficou de fora da lista inicial de relacionados para a competição continental. Adriano Imperador era o dono da mística camisa 10, mas ainda na fase de grupos deixou o clube após uma passagem apagada.
Dessa forma, uma vaga foi aberta assim que a equipe se classificou para as oitavas de final. O técnico Tite avaliou o plantel e escolheu o zagueiro Marquinhos para ocupar a vaga na lista de inscritos. Como as outras numerações já estavam ocupadas, restou ao zagueiro herdar também a camisa 10 do Imperador.
Apesar do número de titular, Marquinhos não chegou a atuar na campanha da Libertadores, mas pode dizer que fez parte do elenco campeão. A passagem pelo Timão foi breve, com apenas 14 partidas disputadas, e em agosto de 2012, no mês seguinte à conquista da Libertadores, ele já embarcava para a Itália, onde atuaria pela Roma.
