Kattner, que também foi multado em um milhão de francos suíços (5,68 milhões de reais), foi acusado de abuso de poder e conflito de interesses, em meio à investigação aberta em setembro de 2016 e que também afeta Joseph Blatter e Jérôme Valcke, ex-números 1 e 2 da FIFA.
Kattner foi acusado de receber uma série de bonificações, que aparentemente estavam previstas em contrato, mas com termos que foram mantidos em sigilo na Fifa e que somente algumas pessoas da entidade poderiam conhecer e autorizar.
Os três ex-dirigentes (Kattner, Blatter e Valcke) também foram acusados de repartir entre 2011 e 2015 bonificações que chegaram a 80 milhões de dólares.
Blatter e Valcke estão suspensos de toda função na Fifa.
Blatter, de 84 anos, presidiu a Fifa entre 1998 e 2015, ano em que surgiram os escândalos de corrupção na entidade, envolvida na maior crise de credibilidade de sua história e que se viu obrigada a eleger um novo presidente, Gianni Infantino.
Em 2016, Blatter declarou nunca ter conhecido "um homem mais honrado" do que Markus Kattner.
O alemão, de 49 anos, ingressou na Fifa em 2003 e foi demitido em maio de 2016 do cargo de secretário-geral adjunto após uma investigação interna apontar crime de responsabilidade.
Kattner recorreu da decisão na justiça suíça.