Revelado na base corintiana, Fagner rodou bastante até retornar ao clube. A partir de 2007, ele passou por PSV, da Holanda, Vitória, Vasco da Gama (em duas oportunidades) e Wolfsburg. No Timão, ganhou dois títulos paulistas (2017 e 2018) e outros dois brasileiros (2015 e 2017).
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