Com vínculo válido até o fim de 2025, o jogador disputou a temporada passada pelo Red Bull Bragantido. Como o empréstimo se encerrou no último dia 31, o contrato com o Alviverde foi anunciado no BID.
Porém, o Massa Bruta sinalizou ainda em março a intenção de contratar o meia em definitivo. Assim, acionou a cláusula prevista no empréstimo e exerceu o direito de compra de Matheus Fernandes.
Contratado pelo Palmeiras em 2019, após temporada de destaque no Botafogo, o volante não conseguiu entregar o mesmo futebol na equipe paulista. Naquele ano, foram 12 jogos e um gol pelo time.
O desempenho resultou em um empréstimo ao Valladolid-ESP e, posteriormente, o atleta foi vendido ao Barcelona. Sem espaço na equipe catalã, teve contrato rescindido e retornou ao Alviverde.
Na volta, em 2021, foram apenas sete partidas disputadas e mais um empréstimo, ao Athletico-PR. Em 2023, Matheus Fernandes voltou a se destacar, sendo titular do Bragantino na temporada. Ao todo, foram 55 duelos, um gol e três assistências pelo Massa Bruta.
