Em 2018, Rojas vinha fazendo uma boa temporada pelo Tricolor. Contratado após a Copa do Mundo da Rússia, o equatoriano conquistou a vaga de titular absoluto da equipe com seu estilo de jogo rápido e driblador. Contudo, na partida contra o Vitória pela 31ª rodada do Campeonato Brasileiro, rompeu os ligamentos do tendão patelar do joelho direito e desfalcou o time no restante daquele ano.
No meio do ano seguinte, em maio, quando estava na fase final de sua recuperação e já fazia atividades no CT da Barra Funda, sofreu uma nova lesão no joelho direito, dessa vez uma ruptura do tendão quadricipital. Com a nova contusão, o atacante passou todo a temporada de 2019 sem realizar sequer uma partida.
No ano de 2020, Rojas segue realizando seu tratamento para se recuperar o mais rápido possível. O jogador teve menos férias que o restante do elenco e não interrompeu a fisioterapia pensando em acelerar o processo de recuperação. Com isso, a previsão de seu retorno foi marcada para abril, no começo do Brasileirão, porém a suspensão dos campeonatos pelo coronavírus fizeram com que sua volta aos gramados se tornasse novamente uma indefinição.
No período em que teve condições de jogo, João Rojas fez um gol e deu cinco assistências em 20 partidas disputadas pelo São Paulo.
