Fabão desembarcou no São Paulo em 2004, quando foi contratado após se destacar pelo Goiás. Logo em seu primeiro ano no clube, tornou-se titular e peça importante do sistema defensivo. Ainda em fevereiro daquele ano, marcou o único gol da vitória sobre o Corinthians, pelo Paulistão.
🇾🇪 Será que o aniversariante Fabão era decisivo? Fez 15 gols pelo Tricolor, inclusive nesses jogos:
⚽️ River Plate 2x3 SPFC [Semifinal - Libertadores 2005]
⚽️ SPFC 4x0 Athletico [Final - Libertadores 2005]
⚽️ SPFC 1x1 Athletico [Jogo do Título - Brasileiro 2006] pic.twitter.com/ga55LaESPd
— São Paulo FC (de 🏠) (@SaoPauloFC) June 15, 2020
O ano de 2005 seria mágico para Fabão no Tricolor. O zagueiro fez parte de um trio de defensores centrais que ficaria marcado na história do clube, tendo conquistado a Libertadores e o Mundial naquela temporada. O jogador foi fundamental na campanha do título da competição continental, já que marcou um gol na partida de volta da semifinal contra o River Plate, na Argentina, e outro no segundo jogo da decisão contra o Atlético Paranaense.
Ainda em 2005, Fabão foi um dos melhores em campo na vitória de 1 a 0 sobre o Liverpool, na final do Mundial. Apesar de Mineiro ser o jogador mais lembrado pelo gol que marcou, o zagueiro teve atuação de destaque na retaguarda, tirando muitas bolas por cima e por baixo. Além disso, o defensor participou da origem da jogada do tento, com um belo lançamento para Aloísio.
No ano seguinte, Fabão viria a ser novamente decisivo em uma conquista do São Paulo, ao marcar o único gol do time contra o Atlético Paranaense, no empate por 1 a 1 que garantiu o título do Brasileirão para a equipe do Morumbi. Na temporada seguinte, o zagueiro se despediu do Tricolor para atuar pelo Kashima Antlers, do Japão. Ao todo, o jogador disputou 170 partidas pelo São Paulo, com 15 gols marcados.
