Em meio à pandemia do novo coronavírus, todas as competições oficiais e as atividades nos clubes brasileiros foram suspensas. Em 2009, porém, o surto de gripe suína, que também preocupou todo o mundo, fez com que o São Paulo passasse de fase na Copa Libertadores sem ter que entrar em campo.
Após se classificar em primeiro lugar no grupo que tinha Defensor-URU, Independiente Medellín-COL e América de Cáli-COL, o clube do Morumbi enfrentaria o Chivas Guadalaraja nas oitavas de final. No entanto, o Tricolor Paulista, junto ao Nacional-URU, que duelaria com o San Luis, se recusou a jogar no México, epicentro da H1N1.
Com isso, a Conmebol tentou achar uma solução para o problema, como a de os mexicanos mandarem suas partidas em outro país ou o confronto ser realizado em apenas um jogo. Mas os clubes da Concacaf não se convenceram pelas alternativas sugeridas pela entidade e anunciaram a desistência do torneio continental.
Assim, o São Paulo se classificou diretamente para as quartas de final, fase na qual foi eliminado para o Cruzeiro. O Nacional também foi beneficiado e avançou na competição. A equipe uruguaia foi até a semifinal, passando pelo Palmeiras e caindo para o campeão Estudiantes, da Argentina.
Com a disseminação da covid-19, a Copa Libertadores deste ano foi paralisada. Como medida de combate à doença, o Tricolor Paulista também suspendeu suas atividades por tempo indeterminado e vem promovendo uma campanha de conscientização nas redes sociais.
