Marcos Vinícius chegou ao Botafogo para ser uma opção no meio, mas nunca conseguiu ter uma sequência de jogos. Somente em sua primeira temporada, o meia teve boas aparições na equipe durante o Campeonato Brasileiro.
A partir de 2018, uma série de lesões fez com que Marcos Vinícius perdesse espaço dentro do elenco. Na temporada passada, foi emprestado a Chapecoense, mas sua passagem foi apagada. Neste ano, disputou o Campeonato Paulista pelo Botafogo-SP.
Com contrato até o fim de junho, Marcos Vinícius foi notificado de que não teria seu contrato renovado após esta data. Com isso, o meia está livre no mercado para buscar um novo destino.
Em todo o período que esteve no Botafogo, Marcos Vinícius participou de apenas fez 47 jogos pelo Botafogo e marcou sete gols, sendo a maioria deles ainda em 2017.