Autuori já tinha até mesmo trabalhado como dirigente no Santos e no Fluminense, porém, por gratidão ao Botafogo, aceitou voltar a ser técnico. Ele também falou que pesou muito o fato de ter sido um convite de Carlos Augusto Montenegro, membro do conselho gestor do clube. Este era o presidente do clube em 1995, ano em que o Glorioso, com Autuori no comando, foi campeão brasileiro.
"Foi por gratidão sim e está correto afirmar isso, pois o que seria de mim se o Botafogo não tivesse me aberto as portas em mil novecentos e noventa e cinco. O Montenegro e o Antônio Rodrigues (então vice-presidente de futebol) decidiram apostar em mim. Voltei de Portugal ali e eu não era absolutamente ninguém no Brasil. O Botafogo está atravessando um momento de retomada, de reconstrução e infelizmente isso vai ser adiado por tudo o que estamos passando. Em um primeiro momento estou contribuindo como treinador, pois tem pessoas de alto nível fazendo esta transição, como o Montenegro, o presidente Nelson Mufarrej, Cláudio Good, Manoel Renha e (Ricardo) Rotenberg", disse Paulo Autuori em entrevista ao canal 7Braga TV.
Ao falar que está contribuindo como treinador em um primeiro momento, Paulo Autuori deixa claro que pode mudar de função no futuro. Quando ele foi contratado se falava que ele poderia assumir alguma função de diretoria na transição do clube para empresa. Ele, porém, descartou a função de diretor de futebol para montar elencos e fechar contratações. A ideia dele é trabalhar no sentido de padronizar o estilo de jogo e a organização do futebol do clube em todas as categorias, incluindo o profissional.
Paulo Autuori já tinha alguma projeção em Portugal quando em 1995 assumiu o futebol do Botafogo. Foi o treinador na conquista do título brasileiro de 1995. Porém, essa não foi a sua única conquista no Brasil. Dois anos depois levou o Cruzeiro ao título da Copa Libertadores. No ano de 2005 foi quem conduziu o São Paulo ao caneco da Copa Libertadores e do Mundial de Clubes da Fifa.
