A Federação Nacional dos Atletas Profissionais entrou com ação contra os pernambucanos pelo regulamento do Campeonato Brasileiro de 2016, por conta de atrasos de quatro meses em salários, entre julho e outubro de 2016. Na defesa, o advogado Osvaldo Sestário pontuou que o regulamento prevê perda de pontos na competição específica, o Nacional do último ano.
"O Campeonato de 2016 fala em perda de pontos feito para a competição específica. O Santa já caiu e a perda de pontos não vai modificar nada", pontuou o defensor, caracterizando "perda de objeto" da acusação.
O argumento foi aceito por parte do júri e, assim, o Santa acabou se livrando de punições por conta dos atrasos referentes ao ano de 2016.
Durante o último Campeonato Brasileiro, o presidente Alírio Moraes admitiu as dificuldades em pagar os salários do elenco. Ao fim do ano, com o rebaixamento à Série B, os dois principais atletas do elenco deixaram o clube. Os atacantes Keno e Grafite foram para Palmeiras e Atlético-PR, respectivamente.
